Chương trình đào tạo ngành Công nghệ Sinh học được xây dựng trên cơ sở nghiên cứu áp dụng chương trình khung của Bộ giáo dục và Đào tạo, tham khảo các chương trình giảng dạy bậc đại học của các nước tiên tiến trên thế giới và khảo sát điều tra ý kiến của các bên liên quan, bao gồm: giảng viên, doanh nghiệp, sinh viên và cựu sinh viên đã và đang tham gia quá trình đào tạo ngành Công nghệ Sinh học tại đơn vị với cách tiếp cận theo chuẩn ABET.

Kỹ sư Công nghệ Sinh học tốt nghiệp từ chương trình Công nghệ Sinh học được đào tạo kiến thức, kỹ năng và thái độ về khoa học, kỹ thuật công nghệ và nghề nghiệp, cho phép họ đảm trách công việc của người kỹ sư trong lĩnh vực công nghệ sinh học.