Viện Công nghệ Sinh học và Thực phẩm (Institute of Biotechnology and Food Technology) được thành lập theo Quyết định số 1277/QĐ – ĐHCN ngày 28/12/2007 của Hiệu trưởng Trường Đại học Công nghiệp TP. Hồ Chí Minh, tiền thân là Trung tâm thí nghiệm thực hành Công nghệ thực phẩm – Sinh học – Môi trường. Trong gần 10 năm hình thành và phát triển, Viện Công nghệ Sinh học và Thực phẩm vươn lên trở thành một trong những đơn vị đứng đầu về đào tạo, khoa học công nghệ, hợp tác quốc tế của Nhà trường . Viện có Giấy phép hoạt động Khoa học và Công nghệ số: 193/ĐK-KHCN. Cơ cấu tổ chức của Viện gồm 4 bộ môn chuyên ngành: Công nghệ Sinh học, Công nghệ Thực phẩm, Quản lý Chất lượng và An toàn thực phẩm, Dinh dưỡng và Khoa học thực phẩm; với hơn 30 phòng thí nghiệm chuyên ngành và 1 vườn thực nghiệm được đầu tư trang thiết bị hiện đại và đồng bộ.
Từ năm 2014 Viện Công nghệ Sinh học và Thực phẩm triển khai áp dụng phương pháp tiếp cận CDIO cho ngành Công nghệ Thực phẩm và Công nghệ Sinh học.
Từ năm 2013, Viện triển khai chương trình đào tạo tiên tiến cho ngành công nghệ thực phẩm và đến năm 2015, Viện triển khai chương trình đào tạo tiên tiến cho ngành công nghệ sinh học.
Từ năm 2016, Viện định hướng sẽ kiểm định chương trình ngành Công nghệ Thực phẩm và Công nghệ Sinh học theo chuẩn ABET vào năm 2020-2021. Việc cải tiến liên tục để nâng cao chất lượng giảng dạy là một trong các tiêu chí đánh giá của quy chuẩn này. Chính vì vậy, Viện đã và đang được nhà trường tập trung đầu tư về chương trình, giáo trình, cơ sở vật chất cũng như nâng cao chất lượng đội ngũ giảng viên để đáp ứng chuẩn đầu ra của chương trình đào tạo theo chuẩn quốc tế.